清代，屬黑龍江將軍齊齊哈爾副都統轄區。 民國時期，屬黑龍江省龍江道。東北淪陷后，1933年3月，偽滿洲國始設阿榮旗，偽阿榮旗公署駐紅花梁子。1941年，偽阿榮旗公署遷至那吉屯（今那吉鎮），隸屬偽滿洲國興安東分省行署管轄。1934年12月，偽滿洲國將興安東分省升格為興安東省，偽阿榮旗公署屬偽滿洲國興安東省行署管轄。1943年10月，偽滿洲國興安東省被撤消，改設興安東地區，偽阿榮旗公署屬偽滿洲國興安東地區行署管轄。1945年8月，阿榮旗獲得解放，隸屬興安省納文慕仁盟。1946年6月，中共阿榮旗工作委員會成立。1947年11月，首屆阿榮旗農工牧獵聯合代表會議在那吉屯召開，阿榮旗人民政府正式成立，阿榮旗隸屬納文慕仁盟管轄。1949年4月，納文慕仁盟與呼倫貝爾盟合并稱呼倫貝爾納文慕仁盟（簡稱呼納盟），阿榮旗隸屬呼納盟管轄。 中華人民共和國成立后，1954年30日，呼納盟被撤消，合并成立呼倫貝爾盟，阿榮旗隸屬內蒙古自治區呼倫貝爾盟管轄。1969年7月，呼倫貝爾盟劃歸黑龍江省，阿榮旗隸屬黑龍江省呼倫貝爾盟管轄。1979年7月，呼倫貝爾盟由黑龍江省劃歸內蒙古自治區，阿榮旗隸屬內蒙古自治區呼倫貝爾盟管轄。2001年10月10日，國務院批準撤銷呼倫貝爾盟設立地級呼倫貝爾市，阿榮旗隸屬內蒙古自治區呼倫貝爾市管轄。